يعرض متحف الآثار في مكتبة الإسكندرية مجموعة أثرية جديدة، والمكتشفة في جزيرة نلسون في أبي قير في الإسكندرية بواسطة البعثة الإيطالية. ترجع المجموعة إلى العصرين الفرعوني والبطلمي، ويبلغ عددها  قرابة مائتين قطعة من الفخار والفيانس ومواد مختلفة. وتوضح المجموعة الحياة اليومية في الإسكندرية في هذا الوقت، إلى جانب عرضها في المتحف بأسلوب متميز من أساليب العرض المتحفي الحديث. يُذكر أن متحف الآثار في مكتبة الإسكندرية عرض في وقت سابق مجموعة من الآثار الغارقة التي اكتشفت في الميناءين الشرقي والغربي في الإسكندرية، وترجع هذه الآثار إلى عصور تاريخية متفاوتة، وقد عرضت من قبل في متاحف كبرى في فرنسا وألمانيا وإسبانيا وإيطاليا واليابان وتُعرض حاليًا في الولايات المتحدة الأميركية. ويتبع المتحف نهجًا جديدًا في عرض هذه المجموعة، يتضمن إطلاع الزوار على القطع، إضافة إلى مشاهدة فيلم وثائقي عن قصة اكتشافها في الماء، كما يوضح عمليات نقلها وترميمها، ثم عرضها في قاعات متاحف دولية. ويتضمن متحف الآثار في مكتبة الإسكندرية ثمانية قاعات تغطي تاريخ مصر، هي "قاعة الآثار المصرية، والآثار اليونانية الرومانية، والآثار البيزنطية، والآثار الإسلامية، وقاعتي "الحياة في العالم الآخر" و"آثار موقع المكتبة"، بالإضافة إلى ملحق المتحف المسمى "كنوز مصر عبر العصور" وأخيرًا قاعة حفائر جزيرة نلسون.