في بعض الأحيان تحدث عملية سقوط الحمل أو الإجهاض التلقائي نتيجة عوامل فسيولوجية غير مرغوب فيها. يحدث سقوط الحمل عادة خلال الأشهر الـ 3 الأولى، ويشير إلى وجود مشاكل تسببت في عدم قدرة الجنين على التطور والنمو لفترة أطول من ذلك. إليك أهم الأسباب المحتملة للإجهاض التلقائي:
شذوذ الكروموسومات. في معظم الأحوال يحدث سقوط الحمل نتيجة لشذوذ بعض الكروموسومات من أحد الوالدين، تسبب بعض الطفرات في الجينات هذه المشكلة.

المشاكل المناعية. في بعض الأحيان يقوم الجهاز المناعي للأم بالتعرف على خلايا الأب باعتبارها أجسام خارجية ويهاجمها. في هذه  الحالة يتم إنهاء الحمل في الرحم دون أن يحدث أي تطور. تحدث تلك المشكلة عندما يكون الـ RH لدى الأم والأب مختلفين.

تشوهات في الرحم. مثل أورام الرحم، وثقب الرحم، والتهابه، أو انفصال الرحم، أو الرحم المطوي، أو ضعف جدران الرحم. تؤدي هذه المشاكل إلى الإجهاض التلقائي.

مشاكل هرمونية أو في الغدد الصماء. كثيراً ما يقال أن صحة المرأة أمر في غاية الأهمية بالنسبة للحمل. قد يكون لدى الأم مشاكل في الغدد الصماء أو اضطرابات هرمونية تؤدي إلى إجهاض الحمل في أيامه الأولى.

اضطرابات الدم. تتسبب بعض اضطرابات الدم مثل التجلط في إجهاض الحمل في أيامه الأولى. يمكن أن تسبب علاجات تخثر الدم سقوط الحمل.

من الصعب التأكد من سبب الإجهاض التلقائي عند حدوثه في الأيام الأولى من الحمل، لذلك يتطلب الأمر تقييم الأسباب قبل التخطيط للحمل.